Avant l’arrivée des Frères des Ecoles Chrétiennes.
La plus ancienne école auxerroise est celle de l’Abbaye Saint-Germain, dont le saint éponyme, Evêque d’Auxerre, vécut au Vème siècle. A partir du IXème siècle, les bénédictins y développent une école monastique de très haut niveau, réputée au-delà des frontières de la France.
La Renaissance voit émerger la fondation de collèges dans toutes les villes du royaume. Un nouveau collège est fondé en 1584 par l’évêque d’Auxerre Jacques Amyot. C’est lui qui mena à bien et finança la construction des bâtiments qui s’élevaient rue Saint-Germain, et qui devaient être confiés plus tard aux Jésuites. Les Jésuites y enseignèrent jusqu’en 1776 avant que le collège devienne une école militaire, un collège de garçons et plus tard un lycée d’état.
L’éducation des garçons de la bourgeoisie confiée aux Jésuites, il manquait à Auxerre un établissement pour les plus pauvres. Au milieu du XVIIIème siècle, les Frères de Saint-Antoine, d’obédience janséniste, sont appelés à tenir des écoles à Auxerre. Mais leur rôle s’efface durant la Révolution.
L’installation des Frères des Ecoles Chrétiennes à Auxerre (1818), rue Saint-Siméon.
En mai 1818, le conseil municipal d’Auxerre prend la décision d'ouvrir une école gratuite confiée aux Frères des Ecoles Chrétiennes. La ville se charge de l'aménagement des locaux dans une partie de l’ancien monastère de la Visitation, rue Saint-Siméon (rue de Paris actuelle).
A la fin de 1818, trois frères investissent cette nouvelle maison. Les brevets de capacité pour les maîtres étant adressés seulement le 16 mars 1819, les classes peuvent enfin ouvrir.
L'école des Frères connaît ensuite un rapide succès. En 1820 elle compte déjà 220 élèves, les enfants étant répartis en deux classes seulement. Le recrutement se pratique essentiellement dans les milieux populaires : ouvriers et artisans.
La deuxième école d’Auxerre, rue des Lombards (1831 – 1904).
Avec la révolution de 1830, les subventions municipales sont supprimées et il faut changer de lieu. En 1831 des bâtiments sont acquis rue des Lombards pour accueillir de plus en plus d’élèves. En 1845 l’école d’Auxerre tenue par les Frères lasalliens affiche un très bel effectif de 300 enfants, correspondant à 250 familles auxerroises.
L’école des Frères peut s’étendre ainsi progressivement, englobant cours et jardin, formant un complexe éducatif allant de la rue des Lombards à la rue Joubert.
Mais en 1904, c’est la séparation de l’Eglise et de l’Etat avec, comme conséquence directe, l’interdiction d’enseigner pour les membres des congrégations religieuses. L’école d’Auxerre est parmi les premières fermées par un décret ministériel du 10 juillet 1904.
Troisième école : l’école des Frères devient l’école Joubert (1904 – 1933).
L’établissement des Frères d’Auxerre est donc fermé et son directeur n’a plus le droit d’enseigner. L’école va devenir cependant « l’Ecole Joubert » et le Frère directeur, sécularisé, s’appellera dorénavant « Monsieur Malvesin ».
Mais il faut tout d’abord résoudre un problème urgent : celui du local, l’Institut des Frères ayant été dépossédé des bâtiments de la rue Joubert. C’est alors qu’un ecclésiastique bienfaisant s’en rend acquéreur aux enchères publiques. Les cours peuvent reprendre non sans mal.
Les débuts sont particulièrement difficiles, les anciens maîtres religieux étant suspectés de fausse sécularisation. Obligé de cacher tout signe d'appartenance à l'Institut, Monsieur Malvesin est même poursuivi devant les tribunaux, mais chaque fois il est acquitté.
Quatrième école : L’école Saint-Joseph de la rue Michelet (1933 – 1968).
Faisant suite à l’interdiction d’enseigner prononcée à leur encontre le 29 juillet 1904, les Ursulines d’Auxerre décident de fermer, rue Michelet, la pension Sainte-Geneviève qu’elles tenaient. Leurs biens confisqués au profit de l’état sont ainsi vendus par lots au département le 19 juillet 1907. On y installe les services de l’Inspection Académique, de la Jeunesse et des Sports, de la Protection Civile, ainsi que le centre d’orientation professionnelle.
Mais le lot du 18 rue Michelet est néanmoins racheté par les Ursulines. Il est ensuite revendu pour servir de locaux à une nouvelle école des Frères. Le déménagement vers la rue Michelet commence le 10 septembre 1933 et le 4 octobre, les cours reprennent avec 136 élèves, répartis en 5 classes. Les dortoirs peuvent recevoir jusqu’à 70 pensionnaires.
Au 3 janvier 1939, l’école est toujours désignée comme école privée d’Auxerre du 18 de la rue Michelet. Cependant en 1940, elle prend le nom d’Ecole Saint-Joseph, utilisant un vocable familier dans le milieu lasallien. Après la Libération elle connaît d’importants travaux d’aménagement.
Avec la cinquième République, l’école catholique s’intègre au service public d’éducation, tout en conservant son caractère propre. La loi Debré promulguée le 3 janvier 1960 instaure un système de contrats entre l’état et les écoles privées qui le souhaitent. Les enseignants sont rémunérés par l’état, le recrutement des enfants s’opère sans distinction de croyance ni de religion et les programmes doivent être identiques à ceux de l’enseignement public.
Une inévitable évolution se produit : l’institution primaire se transforme progressivement en établissement secondaire. Dès avant 1958 le projet de transférer l’école Saint-Joseph à l’extérieur de la ville se profile. Les premières parcelles du finage des Grands-Boivins encore plantées de vignes sont acquises pour y implanter un collège. L’ensemble sera d’une superficie de 10 hectares.
Cinquième école : Saint-Joseph, 1 boulevard de la Marne (1968 - 2021).
La rentrée aux Grands-Boivins a lieu en septembre 1968. Ce transport va donner lieu à une série de contrats qui conduiront au contrat d’association accordé par l’inspecteur d’académie, le 28 mai 1970. Saint-Joseph possède dès lors un 1er cycle (6e - 3e) composé de 13 classes et un second cycle (2de – Tale) comportant 6 classes. L’effectif prévu à la rentrée 70 est de 409 élèves.
Dès lors des évolutions considérables ont lieu. Les cours avaient originellement lieu dans des préfabriqués sur un terrain de 10 hectares entièrement dénudé. Ceux-ci seront progressivement rénovés et conserveront dans la partie collège leur structure d’origine. Des plantations arborées sont décidées afin de générer un cadre agréable pour le bien-être de tous. Un bâtiment Lycée et Lycée Professionnel est construit (1982), un bâtiment Enseignement Supérieur suivra plus tard (2012), alors que l’école Sainte-Thérèse est réunie à Saint-Jo dans un même organisme de gestion et se place désormais sous la tutelle des Frères des Ecoles Chrétiennes, avec de nouvelles constructions (2013). Plateau sportif, gymnase, internat, restaurant scolaire s’agrègent à ces structures et améliorent la vie des élèves et des étudiants.
Cependant la raréfaction des Frères de l’Institut amène dans un premier temps à la nomination d’un chef d’établissement laïc (1996), puis à la disparition de la communauté des Frères au sein de Saint-Joseph (1998). Ceux-ci sont honorés par un hommage festif regroupant l'ensemble de la communauté scolaire.
Saint-Joseph La Salle suit alors les évolutions du système éducatif avec des effectifs en accroissement, jusqu’à atteindre aujourd’hui plus de 1 800 élèves, de l’école maternelle au BTS. De nombreux projets accompagnent la vie de l’école avec des équipes éducatives composées désormais de laïcs, répondant au souci d’un projet d’établissement fondé sur un modèle inspiré par le fondateur des Frères des Ecoles Chrétiennes, Saint-Jean-Baptiste de la Salle.